Из будущего в 1996 год засылается Джеймс Коул, чтобы остановить безумца, главу "Армии 12 обезьян", изобретшего вирус, предназначенный освободить животных и сравнять их с людьми, но на самом деле убивший 98 процентов человечества. Пару раз запуск был произведен с ошибкой - в первый раз он попал в 1990 год и был заключен в сумасшедший дом, где познакомился с сумасшедшим и будущим вирусологом Джеффри Гоинсом и психиатром Кэтрин Рейли, которая, увидев позже его фотографию времен Первой мировой войны - второй ошибочный заброс, - поверила ему и стала помогать...